Depois de uma breve busca no google, desisti de procurar e resolvi tentar resolver os problemas que tive por conta própria. Sou desenvolvedor e usuário do Ubuntu há algum tempo e adoro a praticidade do sistema, porém, a versão de alguns programas instalados pelo apt-get nem sempre é a mais recente. Este é o caso da instalação do JDK.
Este documento fornece algumas dicas para instalar a última versão disponível do java Sun no Ubuntu.
Testado com Ubuntu 9.04/8.10 e JDK 1.6.0_13/JDK 1.6.0_12 mas deve funcionar com versões mais recentes do Ubuntu/JDK.
Removendo a instalação antiga do JDK
1. Remova todos os pacotes instalados da versão anterior (caso tenha instalado). Acho que a maneira mais fácil é ir até o Gerenciador de pacotes Synaptic, digitar sun-jdk (se foi instalada a versão da sun) na procura e remover todas os pacotes que fazem referencia a ele.

synaptic
Download da nova versão
2. Efetuar o download pelo site da Sun: http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
Na figura abaixo, temos o JDK 6 Update 12 (jdk-6u12-linux-i586.bin) mas você deve fazer download do mais atual

download-java-site-sun
Configuração
3. Os comandos agora devem ser executados como root:
sudo su
4. Depois que o download terminar, abra o console, entre na pasta onde está o arquivo e digite:
chmod 550 jdk-6u12-linux-i586.bin
./jdk-6u12-linux-i586.bin
* lembre-se de mudar o nome do arquivo caso tenha feito download de uma versão mais recente
Leia os termos e concorde. Isso irá descompactar os arquivos na pasta atual.
5. Eu gosto de manter os programas instalados manualmente na pasta /opt, então, vou mover o arquivo para lá:
mv jdk1.6.0_12 /opt
cd /opt
* lembre-se de mudar o nome da pasta caso tenha feito download de uma versão mais recente.
6. Criar o link simbólico. Este passo não é obrigatório, mas é interessante no caso de uma nova versão do java (1.6.0_13 por exemplo). Será necessário somente recriar o link simbólico sem precisar alterar outros arquivos de configuração:
ln -s jdk1.6.0_12 jdk
* lembre-se de mudar o nome da pasta caso tenha feito download de uma versão mais recente
7. Vamos alterar os parâmetros de ambiente abrindo o arquivo /etc/environment. Eu uso o vi, mas vc pode substitui-lo por gedit por exemplo. Veja:
vi /etc/environment
ou se preferir, use o gedit:
gedit /etc/environment
no inicio do arquivo, adicione a linha:
JAVA_HOME=”/opt/jdk”
e onde está PATH=”/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games” adicione:
:/opt/jdk/bin
deve ficar assim: PATH=”/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/opt/jdk/bin“
=> Lembre-se que a linha do PATH é somente um exemplo. Ela pode variar de acordo com as suas configurações. O importante é adicionar JAVA_HOME e incluir mais um parâmetro no PATH como foi descrito acima.
8. Instalar o plugin do java no browser firefox. Este foi o mais chato… eu não conseguia achar uma dica que funcionasse (eu tb não pesquisei muito). Os caminhos apontados pelos tutoriais que achei não resolviam o problema. Eu sabia que tinha que criar um link simbólico para a biblioteca, mas nada dava certo… O segredo é criar o link simbólico no lugar certo. Veja:
cd /usr/lib/firefox-addons/plugins
ln -sf /opt/jdk/jre/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so
Abra o firefox e veja se o plugin foi instalado corretamente. Digite no endereço:
about:plugins
Deve aparecer uma página com os plugins instalados. Procure pelo do java conforme a figura abaixo:

plugin-java-instalado-firefox
9. Reinicie o computador, entre no console e digite:
java -version
e depois:
javac -version
Deve aparecer algo assim:
java version “1.6.0_12″
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_12-b04)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 11.2-b01, mixed mode)
javac 1.6.0_12
Pronto, você acabou de instalar a versão mais recente do JDK no seu sistema.
Abs!